H τελευταία αίθουσα με βάση τη συμβατική χρονολογική διαδρομή είναι η Αίθουσα 10, η οποία εγκαινιάστηκε στις 31-1-2004. Σε αυτήν παρουσιάζεται η βυζαντινή κληρονομιά στους χρόνους μετά την Άλωση. Τα ζωγραφικά έργα που εκτίθενται αντιπροσωπεύουν διαχρονικά τις ζωγραφικές σχολές στις τουρκοκρατούμενες και τις βενετοκρατούμενες ελληνικές περιοχές. Παρουσιάζονται επίσης χαρακτικά, εκπροσωπώντας το νέο είδος εικαστικής έκφρασης που υιοθέτησε η ορθόδοξη Εκκλησία τον 17ο αιώνα, ενώ εκτίθενται και μερικά εξαιρετικά δείγματα εκκλησιαστικής χρυσοκεντητικής, λειτουργικά βιβλία και δείγματα εκκλησιαστικής αργυροχοΐας. Στην έκθεση προσεγγίζεται επιπλέον το θέμα της λατρείας των νεομαρτύρων και της άνθησης του μοναχισμού στη Μακεδονία τον 16ο αιώνα. Επιχειρείται ακόμη μια προσέγγιση της επιβίωσης στοιχείων του βυζαντινού πολιτισμού στον ιδιωτικό βίο, με αναφορές στην ιδιωτική λατρεία και την καθημερινή ζωή.

Η έκθεση συγχρηματοδοτήθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης, Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Πολιτισμός, 2000-2006) και από το Ελληνικό Δημόσιο (Υπουργείο Πολιτισμού).