Το Μουσείο διαθέτει επτά διαφορετικά εργαστήρια συντήρησης, πλήρως εξοπλισμένα, τα οποία ειδικεύονται σε συγκεκριμένα είδη αρχαιολογικού υλικού, ξύλου και εικόνων, κεραμικής και γυαλιού, μετάλλου, χαρτιού, τοιχογραφιών, ψηφιδωτού, μαρμάρου και πέτρας. Επιπλέον σε ειδική αίθουσα εναποτίθενται προσωρινά τα ανασκαφικά ευρήματα, όπου γίνεται ο πρώτος καθαρισμός τους πριν προωθηθούν στα επιμέρους εργαστήρια.

Τα εργαστήρια συντήρησης του Μουσείου υλοποιούν σύγχρονες μεθόδους διάγνωσης και συντήρησης που είναι αποδεκτές από τη διεθνή επιστημονική κοινότητα και γίνονται πόλος έλξης εκπαίδευσης και πρακτικής άσκησης φοιτητών και σπουδαστών. Συνεργάζονται με εγχώρια και διεθνή ερευνητικά κέντρα, ενώ αναλαμβάνουν τη συντήρηση και συλλογών άλλων χωρών στα πλαίσια ευρωπαϊκών προγραμμάτων.

Σε αυτά συντηρούνται εκτός από τα αντικείμενα των συλλογών του Μουσείου και φιλοξενούμενα από υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού ή άλλους φορείς κοινωφελούς χαρακτήρα, υπό την καθοδήγηση και εποπτεία του έμπειρου και εξειδικευμένου προσωπικού. Στόχος μας είναι αυτό το έργο να προβάλλεται μέσα από ημερίδες, σεμινάρια, ειδικές εκδόσεις και περιοδικές εκθέσεις με εκπαιδευτικό και διαδραστικό χαρακτήρα.