Η συλλογή έργων μικροτεχνίας του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού αποτελείται από περισσότερα από 7000 αντικείμενα, τα οποία προέρχονται από τη Θεσσαλονίκη και από την ευρύτερη περιοχή της Μακεδονίας. Σχεδόν στο σύνολό τους αποτελούν ευρήματα των σωστικών ανασκαφών της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, ενώ υπάρχουν και λίγα που προέρχονται από δωρεές ιδιωτών και κατασχέσεις. Η συλλογή καλύπτει χρονολογικά τις περιόδους από τα υστερορωμαϊκά και βυζαντινά χρόνια, την οθωμανική περίοδο μέχρι και τα νεώτερα χρόνια. Τα περισσότερα αντικείμενα ανάγονται στην παλαιοχριστιανική και βυζαντινή περίοδο. Περιλαμβάνονται κοσμήματα από χρυσό, άργυρο, χαλκό, γυαλί και οστό, ορισμένα μάλιστα διακοσμημένα με πολύτιμους λίθους και σμάλτο. Ασημένια, χάλκινα και σιδερένια εκκλησιαστικά αντικείμενα λατρείας και αντικείμενα ιδιωτικής ευλάβειας. Σιδερένια και χάλκινα εργαλεία, οστέινα, ξύλινα, λίθινα και κεραμικά μικροαντικείμενα και εργαλεία.